De geschiedenis van de Lindenhoeve is verbonden aan deze van de familie Wemaer. Een familie die volgens oude geschriften sinds de jaren 1400 deel uit maakt van de Sluisse Gemeenschap. Het familie wapen geeft aan dat deze familie in de handel moet actief zijn geweest en geweten is dat sinds halfweg de jaren 1800 de familie Wemaer het huis bewoont aan de Beestenmarkt (naast de huidige Lindenhoeve en recentelijk gerenoveerd).
Naast het huis is dan een schuur gebouwd met stallen voor het vee. Bij de boerderij horen weiden op en bij de wallen, maar de meeste landbouwgrond ligt buiten de bebouwde kom van Sluis, vooral in de Waterhoek en een deel van de Bewestereedepolder benoorden Sint-Pietersdijk. Rond 1900 neemt een zoon de hoeve over: Alphons Ursula Marie Wemaer, geboren in 1873, die rond 1900 huwde met Louise Caroline Marie Berckmoes, geboren in 1874 te Watervliet.
Zij bestuurden de boerderij tot 1929 toen de zoon André Wemaer, geboren in 1903 en gehuwd met Germaine Marie Godelieve Blondeel, de hoeve overnam. De vrouw werd geboren te Aardenburg in 1902 en overleed in 1941 in Sluis aan de gevolgen van een hersenbloeding. De weduwnaar bleef achter met 3 kinderen en hertrouwde in 1942 met Germaine Maria Herrebout, geboren in 1904 in Evergem. Hier begint het verhaal van "Tante Germaine". Zij was de oudste dochter van 8 kinderen en trouwde als laatste.
Germaine gaf het gezin met haar optimistische kijk op het leven terug een toekomst. Echter in het laatste jaar van de oorlog sloeg het noodlot weer toe. Tijdens het laatste bombardement door de Canadezen november 1944 werd het huis en de boerderij zoals het grootste deel van Sluis in de as gelegd door een alles vernietigend bombardement.
Germaine en de drie kinderen zaten tijdens het bombardement in de kelder van de woning. De drie kinderen overleefden het bombardement niet maar Germaine werd 24 uur later van onder het puin gehaald, gered door een balk in haar omgeving die zorgde voor zuurstof. Na een half jaar in het hospitaal in Brugge kwam ze terug thuis. De boerderij lag in puin en er was geen toekomst. Haar devies was echter altijd: "Moed verloren is al verloren" en door haar optimisme, werkzaamheid en openhartigheid slaagde ze erin terug de boerderij op te bouwen samen met haar man. Het huwelijk werd bekroond met twee kinderen. Germaine was toen al twee en veertig. Ze werkte 6 op 7 en van 's morgens 5.00h tot 's avonds laat. Ze was familiaal bekend voor haar bijzondere culinaire gaven. Ze kookte graag en was een constante inspiratie voor haar kinderen. Wellicht ligt dit aan de basis van het ontstaan van de Lindenhoeve. 'S Zondags was haar rustdag en zondagmiddag werd de familie uitgenodigd voor koffie en gebak. Deze gezellige middagen gaven haar de roepnaam "Tante Germaine".
In de jaren zestig werd een deel van de boerderij omgebouwd tot restaurant, door de kinderen Ilva Wemaer en Theo Wemaer. Het restaurant kreeg de naam "Lindenhoeve" omwille van de ligging van de boerderij aan de Beestenmarkt waar typerende oude Lindebomen van enkele decennia oud het romantische kader vormden. Germaine gaf gestalte aan de keuken door haar recepturen. De ziel van "Tante Germaine" en het respect voor verse kwaliteitsingrediënten, vindt u daarom tot op de dag van vandaag nog altijd terug in de diverse gerechten die de Lindenhoeve u aanbiedt zoals de pannenkoeken, wafels en appelbeignets en vele andere gerechten die naar haar smaak en voorbeeld worden doorgegeven.